轻症巨结肠一般可用非手术疗法维持营养及发育，定时用等渗盐水洗肠(禁用高渗盐水或大量清水)，避免粪便淤积，待1岁后再施行根治手术。对发生急性肠梗阻不能缓解，或伴发急性肠炎、巨结肠危象或肠穿孔者，应先施行结肠造瘘术，以后再作根治手术。为了避免粪便淤积，常用一些缓泻剂。

如婴幼儿保守疗法无效，症状严重，可作暂时性横结肠造口术，待3岁以后行根治手术。根治手术是将有病变的结肠连同乙状结肠、直肠缺少神经节细胞的肠段切除，然后做结肠直肠吻合术，以恢复肠道的正常功能，并保存直肠正常的排便反射。手术可在腹腔内或经腹会阴联合途径进行，成功的关键在于完全切除缺少神经节细胞的肠段，否则效果不满意或症状日后复发。为了保证手术的成功，术中应做冰冻病理切片，以证实近端肠管内有神经节细胞。术后需早期扩肛，并连续随访，以提高远期疗效。